д.х.н., профессор С.Ю. Щеголев27 апреля 2026 г. в ИБФРМ РАН состоялось очередное заседание Саратовского отделения МОО «Микробиологическое общество».
Был заслушан доклад д.х.н., профессора Щеголева Сергея Юрьевича «Биоинформатические структурно-функциональные исследования белковых систем в постальфафолдную эпоху».
Доклад посвящен прорывным технологиям исследований структуры и функций белковых систем, стимулированным лавинообразным расширением баз данных с 3D-структурами белков, расшифрованными (предсказанными) с помощью AlphaFold по аминокислотным последовательностям. Их объем измеряется сотнями миллионов записей, и для метагеномных источников приближается к миллиарду.
Поиск 3D-структурных аналогов/гомологов исследуемых белков в базах данных PDB (экспериментальные методы) и AlphaFold DB является ценным инструментом предсказания их функций и выявления гомологичных связей отдаленно родственных объектов, недоступного при использовании аминокислотных последовательностей белков. Эти сведения чрезвычайно важны в широком спектре фундаментальных и прикладных исследований земной биоты, в том числе, для микробиологии.
Однако при указанных выше объемах современных баз данных с 3D-структурами белков поиск в них становится узким местом, требующим радикальных решений. К примеру, оцененное время поиска с популярными программами DALI и TM-align для одного белка (РНК-полимераза коронавируса) против фрагмента AlphaFold DB с 800 тысячами записей составляет около 1 недели (DALI) и более 1 дня (TM-align).
Весьма эффективное решение, программный комплекс Foldseek, представленный разработчиками в 2023-2026 гг., обеспечивает сокращение времени поиска в 10⁴-10⁵ раз. В упомянутом выше примере с РНК-полимеразой оно составляет 5 секунд. В случае с этим же белком против условной базы данных со 100 миллионами структур время поиска Foldseek оценивается примерно в 5 минут, тогда как у программы TM-align это займет около полугода. Столь революционные перемены в эффективности достигнуты благодаря замене выравнивания 3D-структур белков выравниваем эквивалентных им одномерных буквенных последовательностей. Последние получают с помощью специально разработанного структурного алфавита, описывающего третичные взаимодействия в молекуле белка.
В качестве примера в докладе приведены результаты совместных исследований белковых поверхностных компонентов бактерий и архей, проводимых по договору о сотрудничестве между ИБФРМ и ИБ (Институт белка) РАН. В них были выявлены и описаны уникальные нитевидные поверхностные структуры одного из штаммов галоархей (DOI: 10.1016/j.isci.2025.111793) и обоснована актуальность поиска подобных образований у других представителей прокариотов. Исключительно полезным инструментом для этого оказался ресурс Foldseek (https://search.foldseek.com/search). С его помощью в базах данных PDB и AlphaFold DB для архей и бактерий были получены десятки и сотни мишений для основных белков указанных выше поверхностных структур и обнаружены соответствующие им генные кластеры.
В качестве завершающего тезиса в докладе приведена цитата из статьи van Kempen et al. (2024) (DOI: 10.1038/s41587-023-01773-0): «Наличие высококачественных структур практически для каждого уложенного белка кардинально меняет биологию и биоинформатику. Анализы, основанные на последовательности, вскоре будут в значительной степени вытеснены анализами, основанными на структуре.»
д.б.н., профессор О.В. Турковская члены Саратовского отделения МОО "Микробиологическое общество"

Д.б.н., ведущий научный сотрудник лаборатории биохимии Ольга Ивановна Гулий является приглашенным редактором специального выпуска журнала Beilstein Journal of Nanotechnology (BJNANO) (IF 2,7, Q2, УБС1).
Тематический выпуск Innovative nanomaterials for next-generation bio- and chemosensing журнала посвящен изучению инновационных стратегий на основе наноматериалов.

Уважаемые коллеги!
Приглашаем принять участие в качестве авторов в тематическом выпуске журнала Beilstein Journal of Nanotechnology (BJNANO) (IF 2,7, Q2, УБС1) под названием «Инновационные наноматериалы для био- и хемосенсоров следующего поколения».
Приветствуются оригинальные исследовательские, а также обзорные и перспективные статьи, касающиеся как фундаментальных, так и прикладных тем по следующим направлениям:
• Передовые стратегии синтеза наноматериалов в аналитических приложениях
• Проектирование поверхности и функционализация для целевого измерения
• Машинное обучение и аналитические технологии с помощью искусственного интеллекта
• Обнаружение на основе комбинационного рассеяния света с улучшенной поверхностью (SERS)
• Интеллектуальная платформа колориметрического зондирования
• Аналитические системы обнаружения на основе флуоресценции
• Наноматериалы для электрического и электрохимического анализа
• Наноматериалы для газочувствительных приложений
• Электронные свойства металлоорганических наноматериалов
• Наноматериалы для биочувствительных технологий

Принять приглашение и указать формат работы (полная исследовательская статья, письмо, обзор или аналитическая статья) необходимо до 13 мая 2026 года.
Крайний срок подачи материалов — 30 декабря 2026 года.
Обязательно указать, что статья для спецвыпуска “Innovative nanomaterials for next-generation bio- and chemosensing”.
Контакты: bhissa@beilstein-institut.de (редактор BJNANO).

Уважаемые коллеги!
29 апреля 2026 года в 15:00 в конференц-зале Института микробиологии им. С.Н. Виноградского ФИЦ Биотехнологии РАН состоятся ХIV Чтения имени С.Н. Виноградского.
Лекция «РАЗНООБРАЗИЕ И ОСОБЕННОСТИ ЭВОЛЮЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ ГЛУБИННОЙ ПОДЗЕМНОЙ БИОСФЕРЫ».
Докладчик – доктор биологических наук, профессор Николай Викторович Равин.
Трансляция Чтений будет доступна на сайте ФИЦ Биотехнологии РАН.

Запись лекции доктора биологических наук, профессора, академика РАН Вадима Марковича Говоруна "МИКРОБИОТА И МЫ" выложена на сайте ММО.

Подробности на сайте.

Министерство науки и высшего образования Российской Федерации объявляет о начале приема заявок на XI Всероссийский конкурс научно-исследовательских работ студентов и аспирантов.
К участию в конкурсе приглашаются студенты и аспиранты российских образовательных организаций высшего образования и/или научных организаций любой формы обучения в возрасте не старше 35 лет. На конкурс принимаются письменные работы, включающие фундаментальные, прикладные и поисковые исследования по 10 научным направлениям: агро-, био- и продовольственные технологии; гуманитарные науки; инженерные науки; информационные технологии и математика; науки о жизни и медицина; науки о Земле, экология и рациональное природопользование; науки о материалах; социальные науки; физика и астрономия; химия и химические технологии.
Сбор заявок – до 15 мая 2026 года
Отборочный тур – до 30 июля 2026 года
Финал очного этапа – 22-25 сентября 2026 года.
Работы принимаются в системе сбора заявок по адресу https://konkurs.sciexpert.ru/.
Ознакомиться с Положением о конкурсе и с требованиями к оформлению работы можно на официальном сайте Форума «Наука будущего – наука молодых» https://sfy-conf.ru/.